13价肺炎疫苗主要接种的对象是两岁和两岁以下的孩子，13价肺炎疫苗的接种分两个步骤，大致分成基础免疫和强化免疫。基础免疫总共是三剂，第一剂是在2个月、4个月和6个月大的时候，第一剂可以最早在6周龄的时候接种；随后4-8周为间隔，接种第二剂，以4-8周为间隔，再接种第三剂，三剂必须在六个月内完成。换句话说，13价肺炎疫苗开放时间最早为六周，最晚为四个月。

强化免疫是指在12-15个月的时候打，强化免疫只需要打一剂药，第一剂必须在六个月大的时候完成，否则就不能进行后续的强化免疫。对于五个月以上的婴儿只能进行1-2剂的基本免疫接种，尽管免疫效果会降低，但对婴儿仍然可以得到保护，也就是只有在一个疗程结束以后，一个疗程才能进行。