**北京协和医学院的毕业证书上会印有清华大学的章以及北京协和医学院的章**。

对于非临床研究生而言，其毕业证上是为清华大学双章。这意味着无论从事的研究属于哪个专业方向，非临床研究生在完成学业后获得的毕业证书上都会盖有清华大学的印章，以证实其学历的合法性与权威性。而对于协和医院的博士生来说，他们拿到的是医学博士学位，其证书是带有协和医学院的印章，而理学博士由相应的颁发机构盖章。