艰难梭菌往往感染住院病人，并在体内定植。一次研究发现，399个患者入院时检测不到艰难梭菌，21%在住院期间发生了艰难梭菌腹泻。所有的抗生素及一些化疗药物与艰难梭菌引起的腹泻或假膜状结肠炎有关，最常见的是氨苄青霉素、克林达霉素和头孢菌素。可见，抗生素使用不当与艰难梭菌腹泻密切相关，也是住院病人最常见的肠道感染的病因。