京都大学的前身可以追溯到1869年5月设立的第三高等学校。随着时间的推移，这所学校逐渐发展成为日本重要的高等教育机构。

到了1897年，利用甲午战争期间中国支付的赔款，京都大学的法学部和工学部得以成立，同时高校的大学预科也进行了相应的调整。同年，理工科大学也正式设立。

紧接着，在1899年，法科大学和医科大学也相继成立，进一步丰富了京都大学的学科设置。

1906年，文科大学的设立使得京都大学的学科体系更加完善。值得注意的是，在当时，京都帝国大学并不设立学院，而是设有分科大学。大约20年后，这些分科大学逐渐改称学部，这标志着京都大学结构上的重要转变。

二战后的学制改革中，第三高等学校剩余的部分，也就是大学预科，正式并入京都大学，使其成为一所更加完整的综合性大学。

京都大学从一个简单的高等学府，逐渐成长为一个涵盖法学、工学、医学、文科等多个领域的大型高等教育机构，为日本乃至世界的学术研究和人才培养做出了重要贡献。