杭州医学院药学专科转专业是允许的，但需满足特定条件。

首先，学生若展现出特殊才能，且转专业、转学能更充分发挥其潜能，将有机会获得转专业机会。这通常要求学生在大一第一学期表现出色，成绩优异，并通过学校的面试。

其次，如果学生入学后发现有疾病或生理缺陷，经学校指定医疗机构确诊，无法在原专业继续学习，但能在本校或其他高校相关专业学习的，也有转专业可能。

第三，若学生遇到学校认可的特殊困难，不转专业或不转学将无法继续学业，也有转专业机会。

最后，对于本科学生，如学习确实存在困难，可申请转入专科学习。