细菌的形态结构特点可以分为几个主要部分：细胞壁、表面结构、附件以及内部结构。在特定条件下，一些细菌能够形成芽孢，这一过程中，原有的菌体会逐渐解体。细菌的L型是由于细胞壁变异而产生的一种细胞壁缺陷型，这种细菌同样具有致病性。

细菌的表面结构主要包括细胞壁和表面粘着物。细胞壁是细菌结构中的重要组成部分，革兰氏阳性菌的细胞壁由一层厚厚的肽聚糖构成，而革兰氏阴性菌的肽聚糖层较薄，外部还覆盖着一层外膜，该膜由脂双层组成，外层含有脂多糖，即内毒素，它具有很强的抗原性，也是引发细菌性休克的主要因素。

荚膜或粘液层位于细胞壁外侧，主要化学成分为多糖或多肽，其功能是保护细菌细胞壁不受溶菌酶、补体等物质的损害，同时也能抵御白细胞的吞噬和消化，因此，具有荚膜或粘液层的细菌具有较强的致病性和侵袭力。

细菌的附件主要包括鞭毛和菌毛。鞭毛是细菌运动的关键结构，通常在染色过程中由于其细小而难以观察到，必须使用特殊染色方法才能看见。菌毛则可在电子显微镜下观察到，主要存在于革兰氏阳性和革兰氏阴性肠道细菌中，分为普通菌毛和性菌毛，后者用于细菌间的遗传物质传递。

细菌的内部结构包括细胞膜、中间体、核质以及其他细胞器。细胞膜由两层脂质组成，含有大量的蛋白质、脂质和少量的糖类。中间体是细胞膜内陷形成的结构，具有线粒体样的功能，多见于革兰氏阳性菌中。核质是细菌中储存遗传信息的地方，控制细胞的代谢、生长和繁殖。核糖体是蛋白质合成的场所，其稳定性与镁离子的浓度密切相关。胞质颗粒是细菌细胞质中的结构，其中一些是食物储备颗粒，而异染颗粒则具有不同的染色特性。