证书年费应入管理费用科目。

详细解释如下：

1. 证书年费是企业为了维护某项资格证书而支付的费用，属于企业的日常管理费用范畴。因此，它应该被归类到企业的管理费用科目中。

2. 在企业的财务记账过程中，所有的费用都需要根据它们所服务的经济用途进行分类，以确保账务处理的准确性和透明度。管理费用是指企业在管理过程中产生的各项费用，包括但不限于各种证件的维护费用、员工教育培训费用等。证书年费作为企业获取和保持证书的必要支出，属于管理费用的一部分。

3. 当企业支付证书年费后，会计在记账时会将这笔费用记入管理费用科目，同时减少企业的现金或银行存款。这样做不仅反映了企业正常的经营支出，还有助于企业合理控制成本，做出更为明智的财务决策。

因此，企业在处理证书年费时应明确其属于管理费用，并确保在财务记账中正确归类，以保证财务处理的准确性和合规性。