线粒体呼吸链主要由线粒体呼吸链酶组成，由于线粒体中需要经呼吸链氧化和电子传递的主要是NADH和FADH2，所以可将呼吸链分为NADH呼吸链和FADH2呼吸链

1.NADH呼吸链

由复合物Ⅰ（NADH脱氢酶）、Ⅲ（细胞色素C还原酶）和Ⅳ(细胞色素C氧化酶)构成，从NADH来的电子依次经过这三个复合物，进行传递。

2.FADH2呼吸链

由复合物Ⅱ（琥珀酸脱氢酶）、Ⅲ、Ⅳ构成，来自FADH2的电子不经过复合物Ⅰ。