防霉剂与抗菌剂在功能与应用上有明显区别。防霉剂专为抑制、杀灭细菌、真菌、藻类设计，适用于日用品如洗涤用品、啫喱水、膏霜、液体肥皂与湿纸巾防腐防霉。防霉剂在干膜状态下，主要针对霉菌，具有杀灭与抑制生长的功效。抗菌剂成分包括有机硅铜季铵盐、卡松、表面活性剂与增效剂，主要用于防止微生物引起发霉，其有效成分有酚类、氯酚类、有机汞盐、有机铜盐与有机锡盐等，适用于塑料、橡胶、纺织品、油漆与绝缘材料等领域。

抗菌剂与防霉剂的作用机理存在差异，主要针对细菌与霉菌。抗菌剂旨在杀死与抑制细菌生长，而防霉剂则专注于霉菌的抑制与杀灭。尽管从广义角度出发，二者均能对抗细菌与霉菌，但侧重点不同。有些制剂防霉能力更强，而抑制细菌的能力较弱；反之，有些制剂抑制细菌的能力优于防霉能力。同一种制剂虽有多种作用机理，但其有效性主要取决于内部有效成分。

防霉抗菌剂的作用机理多样，可能涉及强氧化、灭菌活性基团灭菌、干扰或中断胞浆流动，导致细胞原生质膜崩解，以达到杀菌目的。此外，它们还能抑制蛋白质合成、遗传物质合成，并刺破细胞膜或细胞壁，让繁殖所需物溢出。尽管抗菌剂与防霉剂外观相似，但因其成分不同，导致它们的机理也存在差异。