一般的按资格证上的时间算，个别地方按注册证上的时间算，所以还是得问问当地卫生局落实一下。

执业助理医师报考执业医师应提交执业助理医师《资格证书》、《执业证书》原件及复印件。专科毕业者报考执业医师，其助理医师执业注册时间必须满2年，中专毕业者报考执业医师，其助理医师执业注册时间必须满5年，（在取得助理医师资格证书下一年度内执业注册的，其注册时间按取得助理医师资格证书年度计算，未在上述时间内注册的，其注册时间按实际注册时间起算）。变更执业地点者到辖区注册部门查询首次注册时间，写在执业证书复印件上，经办人签名并加盖注册部门公章，试用期间不在同一单位的，试用期合格证明由原工作单位与现工作单位分别开具证明，要求累计执业时间必须够。

例如2012年考取医师资格，河北规定应该在2013.12.31之前注册，执业时间就从证书上的打印日起算。好像江苏扬州那边是截止到2013.9.30号的。

所以建议咨询当地卫生局，以当地要求为准。