市委督查室和市政府督查室在职责和工作重点上有区别。

1、职责：市委督查室是地方党委设立的一个部门，主要负责对全市各级党政机关的工作进行监督检查，以确保党委确定的决策部署得到贯彻落实。而市政府督查室则是由地方政府设立的专门机构，主要负责对地方政府的行政工作进行监督检查，以推动政府决策贯彻和政策执行。

2、工作重点：市委督查室通常会制定年度督查计划，组织开展领导干部考核和工作检查等任务，促进各级党政机关更好地履行职责、服务群众。而市政府督查室一般会按照年度工作计划，开展对各级政府部门和相关企事业单位的检查考评活动，及时发现并解决存在的问题，提高政府工作效能和服务水平。