支付方式不同。

实拨资金，通过金库办理库款支拨手续，将预算资金直接转入用款的主管部门在银行开立的经费存款户，然后，由主管部门开出银行结算凭证；国库集中支付是以单一账户体系为基础，以健全的财政支付信息系统和银行间实时清算系统为依托，支付款项时，由预算单位提出申请，经规定审核机构审核后，将资金通过单一账户体系支付给收款人的制度。

国库单一账户体系包括财政部门在同级人民银行设立的国库单一账户和财政部门在代理银行设立的财政零余额账户、单位零余额账户、预算外财政专户和特设专户。