对虾杆状病毒的感染途径主要为口腔摄入，它通过消化道侵入，特别影响肝胰腺和中肠上皮细胞。这种疾病的显著病理特征是肝胰腺和中肠上皮细胞核内可见大小不一的金字塔状包涵体。病毒在细胞核内复制，可能自由存在或与包涵体结合。随着复制和增多，包涵体体积增大，细胞核也随之膨胀，最终导致细胞核破裂，包涵体释放至腺腔，随消化道排出体外。

Couch（1974）的研究将桃红对虾受BP感染的肝胰腺细胞病理变化划分为三个阶段：早期、中期和晚期。早期阶段，细胞核增大，异染质减少，核质区域分化为颗粒区和纤维基质区，显示出病毒的初步活动，此时可见少量病毒粒子。进入中期，细胞核继续膨胀，细胞膜增生，病变更明显，核基质变形，核仁破裂，核膜增厚，可见少量不含包涵体的病毒颗粒。最后的晚期，细胞膜出现多层膜结构，与细胞质分离，包涵体快速增大，引发细胞核破裂和细胞解体。