作用不同，包含内容不同。

1、作用不同：水利工程用于控制和调配自然界的地表水和地下水，达到除害兴利目的而修建的工程，而水利水电工程包括水利和水利发电工程。

2、包含内容不同：水利工程没有包括水电站工程，是一个纯水利工程，而水利水电工程中包括了水电站工程，是水利与水电组合的综合工程。