云南农业大学的历史可以追溯到1907年创办的云南农业学堂，这所学校在1938年发展成为国立云南大学农学院，当时校址位于昆明市呈贡县。1958年，国立云南大学农学院独立建成为昆明农林学院，并迁址至昆明北郊的黑龙潭。在1962年，滇南大学和滇西大学并入昆明农林学院，进一步壮大了学校规模。同年，学校搬迁至大理州宾川县，随后在1970年迁至原曲靖地区的寻甸县。1971年，云南农业大学正式成立，这是由云南农业劳动大学与昆明农林学院合并而成。到了1980年，云南农业大学再次搬回昆明北郊黑龙潭。

2004年，云南省建筑工程学校和云南省香料研究开发中心也并入了云南农业大学。2014年，云南热带作物职业学院的普洱校区正式并入云南农业大学，进一步扩大了学校的地理覆盖范围。截至2020年12月，云南农业大学拥有了校本部、五华校区和普洱校区三个校区，为学生提供了多样化的学习环境。

普洱校区的建立和完善，标志着云南农业大学在教育和科研领域的不断扩展和提升。通过不断地合并和整合，学校不仅在学术研究上取得了显著成就，也为当地的社会经济发展做出了重要贡献。