根据最近的功能学科评估，南京航空航天大学的机械工程学科被评为A-级，而东南大学的机械工程学科被评为B+级，表明南京航空航天大学的机械工程学科稍微更胜一筹。

南京航空航天大学的“机械制造及其自动化”专业更是被列为国家重点学科，而东南大学的机械工程学科则是国家重点培育学科，这进一步证明了南航在机械工程领域的领先地位。

从学科评估的角度来看，南京航空航天大学在机械工程领域表现出更强的实力，其重点学科和国家重点学科的设立，表明了其在该领域的深厚积累和学术影响力。

而东南大学虽然在机械工程学科上被评为B+级，但其作为国家重点培育学科，也意味着其在机械工程领域有着良好的发展前景和潜力。

综合来看，如果倾向于选择一个在机械工程领域有更深厚历史和学术积累的学校，南京航空航天大学可能是更好的选择。

但东南大学作为国家重点培育学科，也表明了其在机械工程领域有着强大的发展潜力和创新力，对于希望在该领域探索前沿技术的学生来说，也是一个不错的选择。