中关村创新研修学院的机构设置包含了多个专业部门，致力于推动区域创新发展。

首先，学院的核心研究机构是产业发展研究中心。这里集结了众多专家学者，形成了中关村智库，专注于对中关村自主创新示范区核心区域的深度研究，通过高层产业分析，提供前瞻性和创新性的战略建议，为政府决策提供专业的智囊支持。其中，产业发展战略研究部专注于行业和企业创新战略研究，通过深入企业咨询和培训，推动技术与管理的创新。

此外，学院还设有政产学研合作部，致力于搭建合作平台，探索政、企、学、研的协同创新模式，促进资源的共享与交流。

在企业培训方面，自主创新企业培训中心内设有教学资源管理部，负责构建丰富的师资、课程、企业、学员和机构资源库，进行高效管理。网络培训部则负责远程教育的技术支持，包括平台建设、课件制作及网络维护。综合培训部则针对高新技术企业需求，设计并执行各类职业技能和管理培训，举办在职培训班。

外联合作部负责市场拓展，通过合作与场地出租，与外部机构联合举办培训课程，对外宣传学院品牌。国际合作部则致力于国际交流与合作，与境外机构共同开展国际培训项目，举办各类国际交流活动，助力企业走向全球。

最后，学院的行政支持由办公室承担，确保机构的日常运营和对外联络的顺畅进行。