行政事业单位基建财务处理一般流程需遵循以下思路。首先，收到财政等基建拨款时，应根据核算需求设置“以前年度拨款、本年预算拨款、本年基建基金拨款、本年自筹资金拨款、本年其他拨款”等明细科目，借记“银行存款”，贷记“基建拨款”相关明细科目。

购买设备时，借记“设备投资”，贷记“银行存款”。预付工程款时，借记“预付工程款—工程项目—施工单位”，贷记“银行存款”。向施工企业预付备料款或自行购买材料时，借记“预付备料款—工程项目—施工单位”，贷记“银行存款”。结算支付工程款时，借记“建筑安装工程投资”，贷记“应付工程款”、“预付工程款”、“银行存款”。发生除建筑安装工程投资和设备投资外的并能单独形成交付使用资产价值的各种其他投资时，借记“其他投资”，贷记“银行存款”。对于江河清障、城市绿化、项目报废等特殊支出，借记“待核销基建支出”，贷记“银行存款”。特殊支出应在下年初报经批准后冲销有关资金来源。

发生建设单位管理费、土地征用及迁移补偿费和监理费等待摊投资时，借记“待摊投资—明细项目”，贷记“银行存款”。待摊投资的分摊应采用直接分摊和间接分摊，间接分摊一般采用概算比例法和实际比例法。应在竣工验收和办理结算手续后，结转交付使用资产的实际成本，一并结转应分摊的待摊投资。

建设项目自用固定资产报废、毁损时，借记“待摊投资”，贷记“固定资产”。本年拨款项目在年度决算批复后，下年初建立新账时，即转入“以前年度拨款”项目。交付使用资产项目的年末数，在年度财务决算批复后，第二年年初与相应的资金来源对冲。

建设项目完成后，交付使用资产项目与单位经费账上的固定资产和固定基金进行对账。学习和研究财政部颁布的《基本建设财务管理规定》等有关财经法规后，行政事业单位基建财务工作是有章可循，有法可依的，同时也是简便易行，行之有效的。