南通最好的职业学校有南通职业大学、南通市工贸职业技术学校、南通航运职业技术学校。

1、南通职业大学：成立于1978年，是江苏省首批本科应用型大学，拥有较为完善的教学设施和师资力量，开设了多个领域的专业，如工程、商务、医学等。

2、南通市工贸职业技术学校：创建于1956年，是南通市规模较大的政府办职业学校，开设了多个技术专业，如机电、计算机、财会等。

3、南通航运职业技术学校：创建于1978年，是江苏省重点职业学校之一，致力于培养航运领域的高级技术人才，开设了多个专业，如船舶工程、航海技术、物流管理等。