1、涂片直接镜检：主要用于眼部标本，诊断沙眼，姬姆萨染色后在上皮细胞内查找包涵体。

2、抗原检测：①直接免疫荧光抗体检测法。②酶联免疫吸附试验。这两种方法均有快速、简单、敏感性高的优点，广泛应用于新近感染的临床诊断。缺点是死菌也可被检测到，易出现假阳性。

3、细胞培养：此法操纵复杂，操纵条件要求高，但是检测衣原体的“金标准”。