有的农药虽然急性毒性不高，但性质较稳定，使用后不易分解，污染了环境及食物。少量长期被人、畜摄食后，在体内积累，引起内脏机能受损，阻碍正常生理代谢。

慢性毒性的测定，主要对致癌、致畸、致突变等做出判断。一般用微量药物长期饲喂，至少要6个月以上，甚至要观察2～4个世代存活的个体，来鉴定药剂对后代的影响。除常规病变检查外，对遗传变异、累代繁殖情况及怪胎的形成等都要作细致的记录。

由于常规的动物致癌试验时间需要很长（2～3年），费用大，所以最近广泛采用了一些快速、灵敏的方法，Ames氏测定法就是其中之一。用鼠伤寒沙门氏菌（Salmonellatyphimurium）不能合成组氨酸的突变体作为指示微生物，来检测某种化学物质是否具有致突变作用。这种方法能在较短时间（3d）内较准确地测定慢性毒性。但要得到最后准确的结果，仍需通过动物实验。

一种优良的农药，希望其毒力高而毒性小。随着科学技术和农药事业的发展及对农药从政策和法律上的严格管理和要求，现在已完全可以做到使所研制出的药剂对防治对象表现出很高的毒力和药效，但对高等动物，且特别是对人、畜的毒性很小，或通过加工和使用技巧的协调而达到安全使用。