两种岗位的区别是从事的工作不同、职称不同。

1、从事的工作不同：管理员从事基层档案部门的档案管理工作、从事档案专业的具体工作或辅助性工作。助理馆员是档案或者博物馆里的一种职称，助理馆员是指获得硕士学位、研究生班毕业或获得双学士学位、大学本科毕业。

2、职称不同：管理员是初级职称，助理馆员是中级职称。