商贸企业与工业企业不同，可以没有机器设备，租个房子就可以开设公司。所以很容易走逃，国税总局就相应地制定了实行辅导期，在半年或一年的时间内对新办企业申请一般纳税人后进行监控，实行发票限版限量，增量就预缴。你说的几千万的合同，如是销售的机器设备，单位价值高，可以凭购销合同，经省级国税机关审批后，开具百万元版的发票。但这个手续很难通过审批。你公司可以将注册资金扩到500万以上，从业从数同时达到50人以上，就可以直接办理为正式一般纳税人。这样再想办理百万元版的专用发票就会简单得多。