济宁学院教育体系全面，涵盖多个领域，设立了中文系、经济与管理系、文化传播系、外国语系、教育系、美术系、音乐系、数学系、物理与信息工程系、化学与化工系、生命科学与工程系、计算机科学系、体育系、大学外语教学部、社会科学部等专业系所。同时，还设有继续教育学院、教师教育学院、初等教育学院（曲阜师范校区）、学前教育学院（兖州师范校区），共计20个系（院、部）。学校提供45个本科专业与23个专科专业的教育，专业设置丰富，旨在满足不同学生的学习需求。