一、考试方向不同

1、计算机应用水平考试：全国专业技术人员计算机应用能力考试是一种计算机能力考试。

2、计算机二级考试：是全国计算机等级考试四个等级中的一个等级，考核计算机基础知识和使用一种高级计算机语言编写程序以及上机调试的基本技能。

二、考试科目不同

1、计算机应用水平考试：包括了操作系统、办公应用、网络应用、数据库应用、图像制作、其它等6大类别，共22个考试科目，基本覆盖了计算机和网络方面最为常见的应用领域。

2、计算机二级考试：程序设计/办公软件高级应用，考核内容包括计算机语言与基础程序设计能力，要求参试者掌握一门计算机语言，可选类别有高级语言程序设计类、数据库程序设计类等。

三、组织形式不同

1、计算机应用水平考试：不同地区、不同部门根据本地区、本部门的实际情况，确定适合本地区、本部门的考试范围要求。

2、计算机二级考试：采用全国统一命题、统一考试的形式。

参考资料来源：百度百科-全国专业技术人员计算机应用能力考试

参考资料来源：百度百科-计算机二级考试