制备琼脂糖凝胶的方法如下：首先称取0.7 g (0.5 g)琼脂糖置于锥形瓶中，加入70 ml (50 ml) 1×TAE，然后瓶口倒扣小烧杯，将其放入微波炉中加热煮沸3次，直至琼脂糖全部融化。接着，摇匀后即可得到1.0%的琼脂糖凝胶液。

制备胶板的步骤如下：取电泳槽内的有机玻璃内槽(制胶槽)洗干净、晾干，然后放入制胶玻璃板。接着，取透明胶带将玻璃板与内槽两端边缘封好，形成模子。

将内槽置于水平位置，并在固定位置放好梳子。最后，将冷却到65℃左右的琼脂糖凝胶液混匀小心地倒入内槽玻璃板上，使胶液缓慢展开，直到整个玻璃板表面形成均匀胶层。

室温下静置直至凝胶完全凝固，垂直轻拔梳子，取下胶带，将凝胶及内槽放入电泳槽中。添加1×TAE电泳缓冲液至没过胶板为止。

琼脂糖凝胶的结构是稳定的，可以在许多条件下使用，如水，pH4-9范围内的盐溶液。它的储藏温度为常温。需要注意的是，琼脂糖凝胶在40℃以上开始融化，也不能高压消毒，可用化学灭菌活处理。此外，琼脂糖还可以用作免疫电泳或凝胶内沉降反应的支持物。