水利建设基金计入的科目是其他应交税费。

详细解释如下：

一、水利建设基金的性质

水利建设基金是一种政府性基金，主要用于支持水利基础设施建设和维护。企业按照相关政策规定，需要缴纳一定金额的水利建设基金。

二、会计科目的选择

在企业的会计记账中，对于政府性基金的缴纳，一般选择“其他应交税费”科目进行记录。这是因为水利建设基金并非企业日常经营活动中产生的税种，而是根据政策规定需要缴纳的一种费用，因此在会计科目中归类于“税费”较为合适。

三、记录方式

当企业缴纳水利建设基金时，应在会计分录中贷记“其他应交税费——水利建设基金”科目，以表示该笔费用的支出。同时，根据企业的实际情况和会计政策，可能还需要进行其他相关的会计处理。

总的来说，水利建设基金在企业的会计科目中应计入“其他应交税费”科目。企业在处理相关账务时，应严格按照会计政策和相关法规进行，确保财务记录的准确性和合规性。