小白菜霜霉病的病原体是一种名为芸薹叉梗霜霉菌的芸薹属变种。这种病菌的菌丝是无色的，且无隔膜，它们在植物细胞之间蔓延，通过特殊的圆形、梨形或棒状吸器深入细胞内部获取水分和养分。在气孔处，可以看到病菌伸出的孢囊梗，它们可能是单个存在，也可能是几根聚集成束。这些孢囊梗无色且不分隔，其主干基部稍有膨胀，能进行重复的二叉分枝，分裂次数通常在3到5次之间，长度大约在145至505微米之间。主轴和分枝之间的角度为锐角，顶端的小梗尖锐且弯曲，顶端会形成一个孢子囊。

这个孢子囊同样为无色，是单胞的，形状近似圆形或卵圆形，大小范围在（19.5～27.5）微米×（16.9～26）微米。在孢子囊成熟时，会释放出芽管，但不会形成游动孢子。此外，病菌还产生一种卵孢子，这种卵孢子是球形的，单胞，呈现出黄褐色，表面光滑，大小在25.5～38.5微米之间，卵球直径在15.6～20.5微米之间。其壁厚且表面平滑，可以直接发育成芽管，进一步侵染植物。这种病原体的特性使得它对小白菜的生长构成严重威胁。