在本质上没有什么区别，都是本科层次的高校，毕业生都将获得国家、国际、社会上都承认的学历证书。

录取批次不同：一本为第一批次、二本为第二批次、三本为第三批次。

收取的学费不同：一本、二本相对稍少一些，但一些转设二本学费相对稍高一些，三本院校学费相对也稍高一些。

办学性质不同：一本是“公办范畴”的；二本大多数是“公办范畴”的，但有极少数也属于“民办范畴”的；三本主要是指“独立学院本科院校”等，属于“民办范畴”或者“公办民助范畴”。