宋初，设立中书门下作为最高行政机构，最高长官行使宰相职权。为制约宰相，后来又增设参知政事、枢密使和三司使，分割宰相的行政权、军权和财权，这样就削弱了宰相的职权，皇帝得以独揽大权。

在宋代，虽然三省名义始终存在，但是已经混同为一省，中书门下是最高行政机构。中书门下同时由于枢密院、三司的设立，宰相的军权、财权被剥夺，参知政事同时分割宰相行政权，三省制度名存实亡。

也就是说宋朝时基本把唐朝时候的三省六部制沿袭下来，而在此基础上又增设了二府三司，更进一步加强君主专制。所以说宋朝的时候三省六部和二府三司是分别独立存在的，因为他们的职责不同，二府三司是一个为了制约相权而增设的机构。

而元朝则在中央设立中书省，中书省长官行使宰相职权，原本被削弱的相权在元朝时得到了反弹。元设中书省代替前面的三省，其实是没有充分意识到加强专制主义中央集权的必要性。蒙古人是骁勇善战的，但是打江山容易守江山难，元朝短短的几十年就灭亡的原因在于它的制度不行。忽必烈一直想像鲜卑族那样完成蒙古族的汉化，但在忽必烈死后就无人问津此事，汉化也不了了之。元朝人对于制度的疏忽是灭亡的原因之一

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