在诊断儿童急性病毒性脑炎时，神经系统的评估至关重要。医生会留意是否存在视力问题，如视力障碍或视神经盘水肿，以及听力减退、吞咽困难等。肢体功能的检查，如瘫痪、病理反射、肌张力变化、共济失调和不自主运动（如震颤、舞蹈样动作或手足徐动）也是常规项目。感觉障碍，以及大小便控制问题，如潴留或失禁，以及脑膜刺激征，也是评估的一部分。

辅助检查手段丰富多样。首先，一般检查包括血液、尿液常规，血沉，脑脊液的压力、生化指标、细胞学分析以及免疫球蛋白（如IgG、IgA、IgM）的测定。血混合玫瑰花环率的测定也有助于诊断。电生理检查，如脑电图和脑诱发的视觉、听觉、体感电位，能够提供关于神经功能的更深入信息。

影像学方面，脑CT或MRI扫描是诊断过程中的重要工具，能揭示脑部的结构变化。病毒感染的免疫学检测则通过ELISA或PCR方法在血液和脑脊液中寻找单疱病毒，同时会进行多种病毒的血清学试验，如流行性乙型脑炎、腺病毒、麻疹病毒等的补体结合试验和血凝抑制试验，以及特定病毒的免疫荧光和中和试验，如腺病毒和流感病毒感染的快速诊断。

在某些情况下，可能需要进行脑活体组织检查，包括免疫荧光检查、病毒分离和病理组织学分析，以明确病因。预防方面，推荐在流行季节前1-11/2个月接种森林脑炎鼠脑疫苗，这可以降低儿童感染该病的风险或减轻症状。