ji和di、zu和du只有读音是相同的，罗马字的写法是不同的。发音相同只是因为し和ち、す和つ浊化以后读音太相似以至于靠日本人发音习惯两者无法分别，所性就读成一样的了。

づ（du）和ず（zu）还是很好区分的，两者分别用在不同的单词中。

ぢ（di）和じ（ji）的区别就不那么清楚了。像闭じる这个词，现在的假名是とじる以前则写作とぢる。

对于这个问题不必深究，因为每个单词都有其固定的假名组成，里面用哪个假名就记哪个假名就好。

至于じ（ji），写成zi也是可以的。至于为什么有ji，我的想法是：罗马字本就是为了适应英语而造出来的（这点跟汉语拼音一样），而就英文的发音来看ji更接近与日语原本的发音，因此才多用ji。