两者之间的教育对象和教学方法都不同。

具体如下：

1、启智学校主要是针对一些自闭、脑瘫等开发智商的小孩学校，这些学校大部分都是残联办的，教育对象是经过医院或智力检测中心诊断为中重度智力障碍的少年儿童。启智特教学校以“六个结合”为办学方针，顺应了这种社会需求。

2、特殊教育学校是由政府、企业事业组织、社会团体、其他社会组织及公民个人依法举办的专门对残疾人、青少年实施的义务教育机构。残疾人是指在心理、生理、人体结构上，某种组织、功能丧失或者不正常，全部或者部分丧失以正常方式从事某种活动能力的人。特殊学校的教育方法是使用一般的或经过特别设计的课程、教材、教法和教学组织形式及教学设备，对有特殊需要的儿童进行旨在达到一般和特殊培养目标的教育。

两种学校的目的和任务是最大限度地满足社会的要求和特殊儿童的教育需要。发展他们的潜能，使他们增长知识、获得技能、完善人格，增强社会适应能力，成为对社会有用的人才。