细菌的基本结构和特殊结构包括：

一、基本结构：

1. 细胞壁：这是细菌的最外层结构，起到保护细菌的作用。它由肽聚糖层组成，为细菌提供强度和稳定性。

2. 细胞膜：细胞膜是细菌细胞的边界，负责调控物质进出细胞。它主要由磷脂和蛋白质组成，具有渗透性和选择性。

3. 细胞质：这是细菌细胞内的主要部分，包含核糖体、质粒和其他细胞器。

4. 核区：虽然细菌没有真正的核，但它们有DNA集中的区域，被称为核区或原始核。

二、特殊结构：

1. 鞭毛：某些细菌拥有鞭毛，这是一种特殊的器官，可以让细菌在水中游动。鞭毛由蛋白质亚单位组成，具有运动功能。

2. 菌毛：某些细菌表面有细小的毛发状结构，称为菌毛。它们有助于细菌附着在宿主细胞上。

3. 荚膜：一些细菌外部包围着一层黏稠的物质，称为荚膜。这层结构有助于细菌抵抗环境压力，也可以帮助细菌逃避宿主免疫系统的攻击。

4. 芽孢：这是某些细菌在不利环境下形成的休眠状态的结构，可以在极端条件下保护细菌存活。

这些结构和特征使细菌能够在各种环境中生存和繁殖。不同的细菌根据其生活方式和生存环境，可能会有不同的特殊结构以适应其特定的生态位。