中国海洋大学研究生专业涵盖了应用经济学、统计学、法学、政治学、中国语言文学、外国语言文学、中国史、数学、物理学、化学、地理学、海洋科学、地质学、生物学、生态学、机械工程、光学工程、材料科学与工程、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术等众多领域。

除此之外，学校还设有土木工程、水利工程、化学工程与技术、地质资源与地质工程、环境科学与工程、食品科学与工程、软件工程、管理科学与工程、水产、药学、工商管理等专业。截止到2018年12月，中国海洋大学拥有13个博士后科研流动站，以及一级学科国家重点学科2个，二级学科国家重点学科（含重点培育学科1个）10个。

学校在“十二五”期间重点建设了21个山东省重点学科，1个山东省文化艺术科学重点学科。在学位授权方面，学校拥有16个博士学位授权一级学科，85个博士学位授权学科，1个博士专业学位授权点类别，35个硕士学位授权一级学科点，194个硕士学位授权学科，以及17个硕士专业学位授权点类别。