主要区别：药学专业的学术学位证上授予【药学】硕士学位，而专业学位毕业授予【药物】工程硕士学位。

专业学位与学术学位的区别

1、专业学位和学术学位，地位是平等的，只不过侧重点不一样。专业学位侧重实践能力的培养，学术学位侧重科研能力的培养，二者都是国家承认的硕士研究生学位

2、两者的专业开设不同，专业学位一般不开设和国家标准学科门类相同名称的专业，而学术学位相反，绝大多数专业名称就是国家标准学科门类。所以往往同行业内只要听到所念的专业基本就能辨别是专业学位还是学术学位，根本无需证书。

3、证书本身不同，比如工科，学术学位毕业授予工学（硕士、博士）学位，专业学位毕业授予工程（硕士、博士）学位。在某些行业工程学位受限制，比如教书，工程学位一般只评定工程（讲师、副教授、教授）职称，工程职称即使到顶也不能晋级博导。