工程款在会计科目中通常计入“工程施工”科目，用于核算建筑企业或承包商在施工过程中发生的各项费用，包含直接成本及间接成本。工程完工并验收后，其余额转至“主营业务收入”科目。

实际操作中，处理工程款遵循以下步骤：首先确认收入，即工程完工并验收合格后，依据合同金额确认主营业务收入。其次结转成本，同时将工程相关成本从“工程施工”科目转入“主营业务成本”科目。然后计算税金，根据收入和成本计算应缴纳的税费，计入税务科目。最后，通过比较收入和成本，计算出工程项目的净利润。

注意事项包括：仔细阅读合同条款，确保所有收入和成本符合合同规定；严格控制工程成本，避免超支；合理规划税务，减轻企业税负；确保所有会计记录和报表符合当地法律法规和行业标准。

以一家建筑公司承接价值1000万元的工程项目为例，预计总成本为800万元。项目完成后，公司按照合同约定收到全部工程款。会计分录如下：确认收入，借：银行存款 1000万元，贷：主营业务收入 1000万元。结转成本，借：主营业务成本 800万元，贷：工程施工 800万元。计算税金，根据税率计算应缴税费。最后确认利润，借：主营业务收入 1000万元，贷：主营业务成本 800万元，贷：营业利润 200万元。

工程款的会计处理复杂，需企业严格遵循会计准则和法规。通过合理处理，企业能有效监控工程进度，控制成本，提升盈利能力，并确保财务报告的真实性和准确性。